基底细胞癌的治疗方法甚多，最重要的是结合患者的情况选择最佳的治疗方案。
1.外科手术切除
对损害在凹凸不平的特殊部位或侵袭性溃疡很深，不宜做其他治疗时，可做外科手术切除和植皮治疗。
2.X线照射
基底细胞癌对放射线比较敏感，而且无痛苦，患者乐意接受，最适于高龄老年人。
3.电烧术
对于早期较小的基底细胞癌，可做电烧术予以彻底烧除，但愈后会留瘢痕。
4.锐匙刮除术
有报道用锐匙刮除治疗基底细胞癌，5年以上未复发，而且美容效果极佳。
5.液氮冷冻
液氮达-195℃有极好的破坏作用，对小面积的基底细胞癌可做液氮冷冻治疗。对于大面积的基底细胞癌也能做冷冻治疗，但愈合时间较长。
6.激光治疗
有人采取二氧化碳激光治疗基底细胞癌取得极佳疗效。它愈合快速，术后痛苦较轻，但会留下瘢痕。
7.外用细胞毒药物治疗
常用于治疗基底细胞癌的细胞毒药物有5%氟尿嘧啶，它可以将基底细胞癌完全破坏，但用药甚为痛苦，而且必定会发生红肿等刺激反应。
8.新方法
(1)维A酸类 虽然有不良反应和需要长时间的治疗，但多发性基底细胞癌患者用维A酸类治疗是有希望的。
(2)免疫疗法 近来有许多报道用α-2a干扰素做局部注射免疫疗法治疗基底细胞癌。
(3)光动力学治疗 光动力学治疗是全身用血卟啉衍生物或双血卟啉之后再用可调的染料激光(波长为630nm)照射。它用来治疗基底细胞癌效果很好，肿瘤的部分和完全根治率分别为44%和82%，主要不良反应为光敏感。
(4)化学治疗 局部外用氟尿嘧啶可以成功地治疗多发性表浅性基底细胞癌，而且还可以预防继续发生。全身性化疗药物用于治疗大的和侵袭性非转移性基底细胞癌。用顺铂和阿霉素合并或不合并放射性治疗多数是有效的。采用博来霉素治疗也有不同的疗效。