肩关节结核发病率很低，但起病隐匿，早期诊断困难，治疗不及时往往给患者造成严重后遗症，甚至截肢、死亡。晚期还有可能并发窦道形成。常于关节囊最弱部位穿破，即易于腋窝或三角肌前缘附近穿破。

本病还常合并活动性肺结核。晚期可并发纤维性强直。