1.局部治疗
(1)冲洗结膜囊 其作用主要是清洁，常用者为生理盐水、2%～3%棚酸溶液或1：5000～1：10000升汞(或高锰酸钾)溶液。
(2)不要遮盖患眼 因结膜炎时分泌物很多，如果把患眼遮盖，分泌物不易排出，而集存于结膜囊内;且遮盖后会使结膜囊温度升高，更有利于细菌的繁殖，使结膜炎加剧。
(3)局部用药 抗菌药物或抗病毒滴眼剂 根据病原学诊断，选择相应的治疗药物。常用0.5%～1%硝酸银，滴眼时要翻转眼睑，将眼液滴于睑结膜上，滴眼后稍停片刻，即用生理盐水冲洗。或用棉签蘸少量药液，涂于睑结膜表面，随即用生理盐水冲洗。
2.全身治疗
对于严重的结膜炎，如淋球菌性结膜炎、沙眼等，需结合全身用药治疗。