CMV宫内感染是导致流产及先天性残障儿的一个重要病因。在出生时外观状似正常的宫内受染新生儿中，约5%～10%于生后数年内将不同程度地出现聋哑、智力愚钝、行为异常、运动失调等躯体或精神发育障碍。鉴于弓形虫病(toxoplasmosis，即“T”)、其他病原体(others，即 “O”)、风疹病毒(rubella virus，即“R”)、巨细胞病毒(cytomegalovirus，即“C”)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus，即“H”)均可经宫内感染导致类似的危害，因而一起被统称为“TORCH综合征”，是生殖保健医学目前所面临的重要课题之一。
此外，已有研究表明，CMV感染可能有致癌作用，还可能是发生冠状动脉狭窄症的病因之一。