本病迄今尚无满意的抗病毒治疗药物。阿昔洛韦对本病无效。更昔洛韦和膦甲酸钠是两种治疗CMV感染的抗病毒药物，已用于艾滋病患者、器官移植术后合并CMV感染患者的治疗，或器官移植术后的预防性用药，不过临床使用后的效果尚未臻理想。
更昔洛韦是阿昔洛韦的衍生物，实验室观察可抑制巨细胞病毒DNA的合成。临床试用于巨细胞病毒病患者的剂量为：缓慢静脉滴注更昔洛韦2.5mg/kg体重，1次/8h，或5mg/kg体重，1次/12h，共2～3周。经初步观察，此药有一定近期疗效，但停药后病毒又可重新复制活跃，故需用药维持数月，甚至数年;由于此药有一定毒性，例如使白细胞、血小板数减少等，故而往往难以坚持长期使用。对阿昔洛韦过敏者亦禁用此药。此外，临床上已发现一些CMV毒株对更昔洛韦表现出不同程度的耐药性;而且，此药对巨细胞病毒性肺炎无效。
膦甲酸钠对巨细胞病毒DNA聚合酶和HIV病毒反转录酶均有抑制作用，故临床试用于治疗巨细胞病毒和HIV病毒合并感染的患者。