1.肠套叠 儿童期发病易误诊为肠套叠，但一般肠套叠表现为阵发性腹绞痛，间断发作每次持续数分钟，缓解期病儿嬉戏如常，于腹痛发作时往往于右下腹可扪及肠壁肿块，肛门指诊可见指套染有血液无特殊腥臭味。对于回结肠套叠的病例常在早期出现果酱样大便，但小肠型套叠发生便血较晚。
2.过敏性紫癜 过敏性紫癜系变态反应性疾病，主要累及毛细血管壁而发生出血症状。对于肠道反应多系由肠黏膜水肿、出血引起，临床上多表现为突然发作腹绞痛，多位于脐周及下腹，有时甚为剧烈，但多可伴有皮肤紫癍、关节肿胀及疼痛，尿检查可发现蛋白尿、血尿或管型尿。
3.其他 AHNE尚需与急性阑尾炎、急性肠炎、菌痢、Mechel憩室炎、Crohn病、肠系膜血管栓塞、肠蛔虫病、胆道蛔虫病、绞窄性肠梗阻等相鉴别。