扁平苔藓的病因不明，从临床与基础的研究中，发现有关的因素很多。目前一般认为发病可能与神经精神障碍、病毒感染或自身免疫有关，有报告家族中有同样患者，是否与遗传有关尚无确证。应用链霉素、异烟肼、氯磺苯脲、甲磺丁脲等可发生扁平苔藓样皮疹，或促使本病加剧。