颅骨裂和有关畸形主要为神经外科矫形术，但多数严重器质性畸形难于治疗，<0.5cm脑动静脉畸形(AVM)可给予γ-刀治疗。虽然脑膨出不一定威胁生命安全，但从脑发育角度看，最好在1岁内手术治疗，太晚不仅影响脑发育，而且会对患儿造成严重心理障碍，并可因感染和颅面畸形的加重而使问题复杂化。
1.一般情况
一般均应手术治疗，但有大量脑组织突到囊内、肿块巨大者属禁忌。囊壁将破、尚未发生脑膜炎者，应紧急手术。
2.枕部膨出
可在生后6～12个月内手术，多余脑组织可以切除，颅骨缺损用骨膜翻转缝合修补，皮肤切除不可过多，防止缝合时有张力。
3.鼻根部膨出
可在1周岁后手术，采用颅内入路的方法，突出的脑组织予以切除，颅骨缺损处用术前备好的有机玻璃片或钛片充填，然后覆盖筋膜片缝合固定，鼻根部皮肤必要时可再次作整形手术。亦可经颅外手术。
4.眶部膨出者
可经颞下部入路进行修补。