1. 大片颅骨缺失造成病人头颅严重畸形，久而久之则势必导致局部脑萎缩。
2. 小儿颅骨缺损可随着脑组织的发育而变大，缺损边缘向外翻，凸出的脑组织也逐渐呈进行性萎缩及囊变，影响脑的正常发育。
1、皮下积液：为 以自体颅骨或硅橡胶颅骨修补后最常见并发症。因修补材料较厚，两侧均为软组织创面粘连较慢，渗出较多，易形成积液，出现后应每日穿刺抽吸至消失，操作时注意无菌，防止感染。 应用塑形钛网则极少出现皮下积液，概因钛网板较薄，两侧组织易粘连，减少了积液的发生。
2、感染：造成原因有血行感染和局部感染向内侵蚀。一旦感染将导致手术失败，必须取出修补材料。
