由于肺部空腔样病变见于多种疾病，需注意鉴别诊断，主要为：
1.支气管肺癌 某些肿瘤中央组织由于血供不足可发生液化坏死形成空腔，此类病变多单发，呈偏心性，壁较厚，内壁呈结节状或不规则，多无液平，周围无明显炎性浸润。患者常有咯血，但无急性感染症状，与肺脓肿鉴别不太困难。癌组织也可阻塞支气管引起继发感染，远端形成肺脓肿，此时尤需与肺脓肿鉴别。在年龄>40岁的患者，如肺内出现孤立的空腔样病变，尤应引起注意。痰肿瘤细胞学检查，纤维支气管镜检查，对诊断有重要价值。胸部CT可协助诊断。
2.肺结核 常有低热、乏力、盗汗等结核中毒症状。浸润性肺结核或干酪性肺炎多在上叶呈大叶实变，其中有透亮区，为无壁空洞，不伴有液平，同侧或对侧可有播散的斑絮状影。痰涂片抗酸染色可发现结核杆菌。
3.肺囊肿合并感染 在X线胸片上肺囊肿表现为含液囊肿或含气囊肿，呈圆形或卵圆形，界限清晰，含气囊肿内有时有气液平面，透视下囊肿可随呼吸改变大小。继发感染时可有高热、咳嗽及大量脓痰，需与肺脓肿鉴别，如原有X线胸片进行比较将易于做出诊断。
4.肺隔离症 是指由于肺脏发育畸形使部分肺组织与主体肺分离形成囊性肺块，特别是叶内型，肿块的支气管可与机体的支气管系统相通，常在局部继发感染。临床表现为咳嗽、咳痰、咯血及发热等，如反复感染可出现营养不良、贫血等症状。X线表现为囊腔周围炎性浸润比肺脓肿轻，多在下部，可通过主动脉造影、磁共振显像显示来自主动脉的异常动脉。