老年感染性心内膜炎是治疗困难和死亡率较高的疾病，因此预防本病的发生比进行积极的治疗更为重要。主要针对老年人患本病的病因采取预防措施，常可收到较好的效果。
例如老年人常患龋齿、牙周病等，在进行牙科处理时易发生链球菌性菌血症，因此治疗前1h应肌内注射普鲁卡因青霉素120万U和链霉素1g。作泌尿科、妇科或胃肠道检查或手术时也可发生革兰阴性杆菌或肠球菌菌血症，故在术前1h均应给与抗生素，12h后再给药1次。
特别是老年人行人工瓣膜置换术时、术前与术后均应给予抗生素进行预防性治疗。因为瓣膜置换术发生感染的危险性和发生菌血症的可能性均很大。此外在对有心脏瓣膜的老年病人进行牙科处理或鼻咽部手术时，术前1h均应给予抗生素口服或肌注，以防引起感染性心内膜炎。
但是Vander Meer等对应用抗生素预防自身瓣膜心内膜炎的效果提出异议，他们的临床观察表明其预防效果仅为6%。