Sawamura等（1998）按各种颅内生殖细胞肿瘤的预后将颅内生殖细胞肿瘤分为3大类：①预后好的颅内生殖细胞肿瘤包括单发的纯生殖细胞瘤和成熟畸胎瘤， Sano（1995）报道的生殖细胞瘤的5年生存率为95%，十年生存率为91%。；②预后中等的颅内生殖细胞肿瘤包括伴β－HCG升高的生殖细胞瘤、多发的生殖细胞瘤、未成熟畸胎瘤、含生殖细胞瘤及成熟畸胎瘤或未成熟畸胎瘤成分的混合性生殖细胞肿瘤；③预后差的颅内生殖细胞肿瘤包括畸胎瘤恶性变、胚胎癌、内胚窦瘤、绒毛膜上皮癌、或含有上述恶性成分的混合性生殖细胞肿瘤。Jaing等（2001）通过多因素分析认为：与预后关系最密切的是颅内生殖细胞肿瘤的病理类型，生殖细胞瘤的5年生存率为92.6%,而NG-GCTs的5年生存率则为47.3%，
生殖细胞肿瘤的预后差别较大。颅内生殖细胞肿瘤预后与病理性质关系很大，生殖细胞瘤和成熟畸胎瘤预后最好；单纯生殖细胞瘤可以治愈，多数文献报道5年生存率超过90%，十年生存率达80%以上。未成熟和恶性畸胎瘤以及伴STGC的生殖细胞瘤预后次之；胚胎癌、绒癌、卵黄囊瘤和混合性生殖细胞肿瘤恶性程度最高，预后最差。高度恶性的生殖细胞肿瘤的治疗和预后各家报道差异较大，何为最佳治疗方案仍有待进一步研究。这是今后需要深入探讨的一个重要课题。
单纯生殖细胞瘤在治疗结束后，应每3-6月随诊一次，除常规检测血常规，生化，内分泌外，AFP和β-HCG和CT/MRI扫描是必须的，5年后随访间隔可改为6-12月。对NG-MGCTs，检测AFP和β-HCG对判断肿瘤复发具有重要的意义，如果AFP和β-HCG再次升高则可预测肿瘤的复发，其敏感性早于MRI。
