流行性甲型脑炎的临床表现分为三种临床综合征，即：嗜睡性眼肌麻痹综合征、运动功能亢进综合征和肌张力障碍运动失调综合征。临床症状首先是嗜睡表现，有些患者在工作和进餐时表现为昏昏欲睡的样子，有些患者表现为行为异常。这些异常的行为有时会误诊为精神异常。
1.嗜睡性眼肌麻痹综合征
可出现发热、头昏、嗜睡、昏睡、神志恍惚、昏迷、抽搐、癫痫，肢体或脑神经麻痹，常见有双侧眼肌麻痹引起的眼球运动障碍，其他脑神经受累时还可以出现复视、斜视、眼睑下垂、瞳孔扩大或缩小等症状。
2.运动功能亢进综合征
可出现面部肌肉僵硬、表情淡漠、兴奋躁动、阵挛或舞蹈症、肌张力障碍、手足徐动等症状。
3.肌张力障碍运动失调综合征
可出现全身肌肉僵硬、乏力、倦怠、软弱无力、震颤、肌张力障碍、共济失调、行走困难等症状。大多数患者在急性期因为严重并发症而死亡，仅极少数患者能够存活下来，但留有严重的帕金森综合征、吞咽困难、复视等后遗症。