潜伏期长短不一，如摄入活菌为主，约为食后6～14h。骤起腹痛、腹泻、水样便，恶心，呕吐较少，少数患者有发热。如摄入细菌毒素为主者，潜伏期较短，1～5h，甚至可短到数十分钟，以呕吐为主，伴有腹痛。少数继以腹泻，无明显发热。多为自限性，持续4～24h恢复。
凡进食剩饭或其他可疑食物6～14h出现呕吐、腹痛、腹泻者，均应疑及蜡样芽孢杆菌食物中毒，确诊有赖从可疑食物及患者粪便中培养出蜡样芽孢杆菌。菌量应达到每克粪便含105或以上，始有诊断意义。其细菌应作血清型及生物型鉴定，并应进行肠毒素试验，确定有无致病力。
