1.实验室检查：粪便检查，应观察便秘者排出粪便的形态及有无黏液或血液黏附。直肠性便秘为大块质硬的粪便，由于常伴直肠炎症及肛门损伤，粪便常有黏液及少量血液黏附。中老年患者经常出现少量血液时，应特别注意大肠癌。结肠痉挛性便秘者，粪便坚硬呈块粒状如羊粪。肠易激综合征者常排出多量的黏液，但黏液中极少有红细胞、白细胞。
2.体格检查：必须按诊断学要求进行全面系统的体格检查。既不可认为便秘是小毛病而马虎对待，以致遗漏重要病变，也不要把便秘的诊断视为难题，动辄使用复杂检查手段，而忽视了一般常规检查，使本来可以较容易发现的病变不能及时发现。但是，对多数慢性便秘患者来说，由于病程很长，过去所作的检查也很多，腹部体征常不很明显。
3.视诊：有无肛裂、瘘口、痔脱垂、肛周炎症、血迹等。嘱患者作排便动作，有会阴下降者可见盆底以肛门为中心明显向下突出;再嘱收缩肛门，盆底支配神经严重受损者，收缩能力减弱或消失。
4.直肠指检：应仔细观察有无外痔、肛裂及肛瘘等病变，触诊时需注意有无内痔，肛门括约肌有无痉挛、直肠壁是否光滑，有无溃疡或新生物等。切忌粗暴，应充分润滑指诊指及患者肛门，以使检查无痛，尽量减少对肛管直肠生理状态的干扰。正常肛管可容一指通过，张力中等，嘱患者作排便动作时外括约肌、盆底肌可明显放松。若肛管张力增高，提示肛管附近可能有刺激性病变。如肛管不能通过一指，则肛管有器质性狭窄，常见于低位肿瘤、肛管手术后或不当的硬化剂注射后疤痕形成。部分患者直肠壶腹中可扪及坚硬粪块。若直肠中潴留大量粪便而并无便意，提示直肠无力。直肠前突患者在排便动作时，可在括约肌上、耻骨联合下方扪及袋状薄弱区。直肠内套叠患者，直肠壁松弛，指诊时直肠内有粘膜堆积的感觉，偶然也可扪及套叠之肠壁。盆底失弛缓综合征患者，嘱排便时可明显感觉到盆底肌、耻骨直肠肌、外括约肌各部均不松弛;病情严重者，肛直环明显肥大增厚、僵硬、活动度减弱，肛管张力增高，并有明显疼痛。用指诊之食指压迫直肠壶得各方向以检查盆底感觉功能(即直肠感觉功能)，可粗略估计感觉功能受损的程度。
5.肛门镜检查：内痔、低位直肠肿块均可窥及。当直肠粘膜有充知水种、糜烂而难以用一般炎症解释时，应考虑直肠内套叠的可能性。若如有来源不明的血迹，尤为陈旧血迹，应警惕上方肿瘤的可能。
