1.急性肾盂肾炎 也表现为发热、腰痛、疲乏无力、食欲不振等全身症状及尿路刺激症状。但病人无疫水接触史。体检肾脏大小正常，尿常规检查有脓细胞和大量白细胞而找不到虫卵。
2.肾阿米巴病 也表现为尿频、尿急、尿痛伴寒战、高热。但可有米汤样尿、果酱样尿。且肾区持续性钝痛或剧痛，在尿中可找到阿米巴滋养体或包囊而无虫卵。
3.肾结核 也表现为反复的尿频、尿急、脓尿、血尿伴有低热和消瘦。但病人常同时有肺结核病史。红细胞沉降率(血沉)加快且尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌，但在尿中找不到虫卵。
4.输尿管结石 有典型的肾绞痛、肾积水等输尿管梗阻征象。须与血吸虫病输尿管病变引起的肾绞痛、肾积水相鉴别。病人多有肾结石病史和排石史，大多突然发病。尿液检查有红细胞，但找不到血吸虫虫卵。X线或B超检查多可发现输尿管内密度增高影或光团，无输尿管狭窄改变。
5.急性膀胱炎 亦有尿频、尿急、尿痛、血尿及耻骨上区胀痛症状，与血吸虫病膀胱病变有相似之处。但常于劳累、受凉后发病，不伴有肾、输尿管积水及膀胱缩小。病人无疫水接触史。尿常规找不到血吸虫虫卵。膀胱镜检查黏膜无增厚、溃疡，无虫卵肉芽肿及息肉等病变。膀胱黏膜活组织检查可提供鉴别依据。
6.膀胱阿米巴病 也表现为血尿，有尿频、尿急、尿痛。但包虫病病人可有米汤样尿、果酱样尿。在尿中可找到阿米巴滋养体或包囊而无虫卵。
7.膀胱结核 有尿频、尿急、尿痛及血尿症状，晚期可伴有肾、输尿管积水和膀胱挛缩征象，与血吸虫病膀胱病变十分相似。但病人常有结核病史，无疫水接触史。膀胱刺激症状呈进行性加重且伴脓尿。连续尿沉渣涂片抗酸染色可发现抗酸杆菌。X线、B超、CT等检查显示一侧肾结核病变，膀胱镜检查可发现结核结节。