慢性肾盂肾炎是有可能会引起肾萎缩的。如果慢性肾盂肾炎发病后不及时治疗，导致肾脏组织长时间受到炎症刺激时，就可增加肾萎缩的发生几率，严重的还可发展为尿毒症，或是引起其它并发症发生。

慢性肾盂肾炎除了可引起肾萎缩外，还可引起高肾素血症，或是出现肾小管萎缩、肾细小动脉狭窄等情况，从而让肾脏血液供应不足，引发肾性高血压发生。另外慢性肾盂肾炎还可引起慢性肾衰竭。当病情恶化后肾功能会慢慢退化，可引起代谢产物潴留及水、电解质平衡失调，导致全身各系统受累，从而引发肾衰竭。

慢性肾盂肾炎如果发展到晚期，则可能导致肾小球功能损害，从而引起肾功能不全发生。另外还可引起是肾小球纤维化，最终导致肾小球硬化，出现这种情况后预后是比较差的，最后可演变为终末期肾脏病。