抗原必须位于肾脏并激发局部的免疫炎症反应才能引起免疫介导性肾脏疾病。肾性抗原本来就位于肾脏,是肾脏的蛋白组成成分。非肾性抗原则需一定机制沉积(植入)于肾脏。
肾性抗原以及一些循环的并沉积于肾脏的非肾性抗原都是抗体结合的固定靶。通常引起肾脏病的非肾性抗原是在血液中。与其特异性抗体结合形成免疫复合物循环进入肾脏。根据其生物,化学特性,免疫复合物在肾脏内有特定的定位：肾小球系膜,肾小球基底膜(GBM),GBM内侧的内皮细胞,GBM外侧的上皮细胞。譬如,IgA肾病时,免疫复合物包含IgA,由于IgA分子较大,其易定位在系膜区。细菌抗原与IgG结合形成的复合物,则因其分子较小,倾向于定位在GBM内或GBM上皮细胞侧。
一旦定位,抗原和免疫复合物引起并造成持续的免疫炎症性肾损伤,常通过一种或多种的经典免疫反应较少见的类型包括有IgE介导的,直接补体激活以及免疫缺陷病(如AIDS,先天性补体成分缺乏症)。