1.抗生素引起的菌群失调。

2.胃窦切除后促胃液素(胃泌素)缺乏。

3.次全或全胃切除后内因子缺乏。

4.短肠综合征。

5.原发性小肠吸收不良综合征。

任何缓慢发生的腹泻、脂肪泻、体重减轻、大细胞性贫血患者，尤其是老年人或有腹部手术史的患者在鉴别诊断时要考虑小肠细菌过度生长。