脑脓肿为细菌感染而引起，根据细菌感染的来源途径常分为四类：
1.邻近感染灶的扩散所致的脑脓肿
中耳炎、乳突炎、鼻窦炎、颅骨骨髓炎及颅内静脉窦炎等化脓性感染病灶可直接向脑内蔓延，形成脑脓肿。其中以慢性中耳炎、乳突炎导致的脑脓肿最为多见，称为耳源性脑脓肿，约占全部脑脓肿的50%～66%。但由于近年来不少中耳炎、乳突炎得到及时的根治，耳源性脑脓肿的比例已明显减少。耳源性脑脓肿多为慢性中耳炎、乳突炎并胆脂瘤急性发作导致脑脓肿，其感染途径多经鼓室盖或鼓窦波及颅内颞叶的中后部，约占耳源性脑脓肿的 2/5。另一部分经乳突内侧硬脑膜板波及小脑外侧上部，尤其儿童乳突骨质较薄，感染易经Trautman三角区(即岩上窦下方、面神经管上方、乙状窦前方，三者形成的三角)累及小脑。但小儿鼓室及乳突尚未发育良好，故小儿耳源性脑脓肿少见。小脑脓肿约占耳源性脑脓肿的1/3。耳源性脑脓肿亦可经静脉逆行转移到远隔部位，如额、顶、枕叶，甚至偶有转移至对侧脑部。耳源性脑脓肿多为单发。常见致病菌以变形杆菌及厌氧菌为主，厌氧菌以链球菌居多，其次为杆菌，亦可为混合性感染。
由鼻窦炎引起的脑脓肿称为鼻源性脑脓肿，较少见。多发生于额叶底部，多为单发，偶有多发。多为混合菌感染。头皮痈疖、颅内静脉窦炎及颅骨骨髓炎所致的脑脓肿均发生在原发病灶的邻近，可发生脑脓肿及硬脑膜外、硬脑膜下或混合性脓肿，亦多为混合菌感染，也可能为真菌感染。
2.血源性脑脓肿
主要是由于来自远隔身体其他部位的感染灶流经动脉的炎性栓子传入而形成的，亦可逆行经胸腔、腹腔及盆腔的器官如肝、胆、膈下及泌尿生殖系统等的感染，由脊柱周围的无瓣静脉丛与椎管内相吻合的静脉进入椎管内静脉转移到颅内。面部三角区的感染灶由静脉回流至颅内也可能形成颅内感染。感染来源为胸部各种化脓性感染，如肺炎、肺脓肿、脓胸、支气管扩张等的脑脓肿，称为胸源性脑脓肿;因细菌性心内膜炎、先天性心脏病，特别是发绀型心脏病等引起的脑脓肿，称为心源性脑脓肿。婴幼儿先天性心脏病发绀型，往往有红细胞增多症和血凝功能亢进，由于病儿有动静脉血沟通，周围静脉血一旦有化脓性细菌感染即可直接传入脑内形成脓肿。经动脉播散的脓肿常位于大脑中动脉分布的脑白质或白质与皮质交界处，故好发于额、顶、颞叶;而位于面部的感染灶好发于额叶。致病菌以溶血性金黄色葡萄球菌为主，其他多为混合菌。
3.外伤性脑脓肿
为化脓性细菌直接由外界侵入脑内所致。清创不彻底、不及时，有异物或碎骨片存留于脑内，可在数周内形成脓肿，少数可在伤后数月或数年甚至数十年才形成脓肿。一般3个月内引起的脓肿称为早期脓肿，3个月以上称为晚期脓肿。脓肿多位于外伤部位或其邻近部位，病原菌多为金黄色葡萄球菌或混合菌。
4.隐源性脑脓肿
指病因不明，临床上无法确定其感染源。可能原发感染灶和脑内继发病灶均较轻微或机体抵抗力强，炎症得到控制，未被发现，但细菌仍潜伏于脑内，一旦机体抵抗力下降，即可发病。因此，这类脑脓肿实质上为血源性脑脓肿，此类脑脓肿在全部脑脓肿中所占的比率有逐渐增高的趋势。在无CT检查之前诊断困难，常易误诊。
脑脓肿除细菌感染外还有真菌、原虫、寄生虫等引起的脑脓肿。近年来因免疫功能损害引起的脑脓肿的报道日渐增多。
