1.颅内肿瘤
脑棘球蚴病所致的颅内压增高和定位症状与颅内肿瘤相似，故常误诊为颅内肿瘤而手术，故对来自流行区有颅内压增高的病人，应提高警惕，须作详细而全面的体检，特别应注意有否伴发肝脏或肺脏包虫，必要时做包虫卡松尼皮内试验和各种免疫学检查，CT及MRI检查可以确定诊断。
2.颅内蛛网膜囊肿
蛛网膜囊肿一般认为是胚胎期蛛网膜发育不良所致，在儿童和青壮年中发病率高，常好发于脑池相关部位，如侧裂池等，CT和MRI检查表现为边界光滑的低密度，低信号囊性病变，密度或信号与脑脊液相同，无钙化，囊内长T1长T2，无强化。
3.脑部其他寄生虫病
(1)脑猪囊尾蚴病：一般具有共同的临床症状如颅内压增高，癫痫发作和定位性体征等，但本病可伴发皮下结节，切取标本进行切片镜检便明确诊断，粪便检查到节片，虫卵，亦可作为诊断的佐证，脑CT及MRI检查对绝大部分囊虫能做出准确的诊断，但对于囊泡型脑囊虫，尤其是巨大的单发囊泡型囊虫，因其CT 及MRI的表现与脑包虫基本一致，容易误诊为脑包虫，但囊泡型脑囊虫有时可见合并有其他类型囊虫影像，脑包虫囊肿较囊虫囊肿形状更圆，几成正圆形，术中可见脑包虫囊壁呈乳白色，粉皮样，厚约2mm左右，脑囊虫囊泡壁菲薄，透明。
(2)脑肺吸虫病：大都伴有肺及其他部位的病变，通常腹部症状出现最早，肺部症状次之，而肺部的症状持续时间较长，常受到病人及医师的重视，从铁锈色痰中可找到虫卵和夏克雷登结晶，结合肺部X线片，块状典型肺吸虫改变，不难鉴别。
(3)脑血吸虫病：晚期病人表现为血吸虫性肉芽肿，及其反应性广泛性脑水肿，颅内压明显增高，常伴有偏瘫，偏身感觉障碍，失语等定位体征，有类似脑棘球蚴病之处，病人一般来自流行区，有涉水历史，肝及肠道受累较著，粪便沉淀和孵化可查到虫卵和毛蚴，乙状结肠镜检查可见结肠黏膜浅表溃疡，息肉，瘢痕等病变，取活组织，查到虫卵阳性率极高。