尿路软斑症属于炎症性病变，需要长期应用抗生素治疗，能改善症状，但易于复发。有的学者曾提出应用多种抗菌药物治疗，可以使尿液中细菌消失，但不能阻止病程的进展，因为一般抗生素对软斑症患者只能消灭细胞外间隙的细菌，却不能杀灭进入细胞内的细菌。实践证明，有的抗菌药物如利福平和磺胺异?唑能进入吞噬细胞，帮助杀死细胞内细菌。近年来喹诺酮类药以其独有的组织渗透性越来越受到重视，喹诺酮类药物在巨噬细胞内的高浓度对清除细胞内病原菌非常有利。多项研究表明以环丙沙星500mg，2次/d口服单纯治疗肾软斑症，效果良好，有效率达90%。Sawamura研究发现膀胱软斑症采用依诺沙星600mg，1次/d口服治疗8周后病理性损害完全消失。对于膀胱软斑症除了长期应用抗菌药物治疗外，还可以经尿道将膀胱内病变进行电灼治疗，对病变愈合有利。由于本症容易复发，需定期随诊作膀胱镜检查。对肾软斑症患者，虽然有的学者建议长期应用抗菌药治疗，但大多数学者认为单侧肾病变，一旦临床确诊为软斑症，需作患侧肾切除术。
近年来有些学者研究证明胆碱能药物和维生素C能纠正体内吞噬细胞的功能缺陷,临床应用氯贝胆碱(氨甲酰甲胆碱，Bethanechol)10～25mg，4次/d，与维生素C治疗软斑症有不同程度的疗效，但尚需密切观察病情，若临床无缓解而有发展趋势，还需作肾切除术。