本病临床过程无特殊性，因而临床上易漏诊。表现为咳嗽、咳脓痰或泡沫痰、胸痛、畏寒、高热以及相伴出现的肺突变、湿?音等变化。若在人群集中的地方如军营、学校、托儿所或医院中同时出现许多细菌性肺炎病例时应警惕本病的可能，若在痰涂片上发现中性粒细胞内有革兰阴性肾形双球菌，应高度怀疑本病，确诊依赖于进一步的细菌学检查。普通的咳痰培养或鼻咽部、喉部拭子培养有时难以获得阳性结果，往往需要经气管吸取标本才有可能获得阳性结果。

原发性脑膜炎奈瑟菌肺炎的临床表现与肺炎球菌肺炎类似，表现为咳嗽、咳脓痰或泡沫痰、胸痛、畏寒、高热，以及相伴出现的肺实变，湿?音等体征变化。早期常有咽喉炎表现。X线表现无特异性，包括斑片影的支气管肺炎和大叶浸润，常见于下叶或右中叶，约20%病例伴有胸腔积液。