对继发于下丘脑-垂体分泌促性腺激素不足所引起的男性性腺功能减退症，使用促性腺激素治疗，有助于恢复生精功能及促使第二性征发育。可应用的制剂有：
1．绒毛膜促性腺激素（HCG） 能刺激睾丸间质细胞产生睾丸酮。
2．绝经期促性腺激素（HMG） 每支含FSH及LH各75IU，有促进睾丸生精和分泌雄激素的作用。每周需用药2～3次，至少连用3个月。为提高生育能力，可先试用HCG2000IU，每周肌注三次，12周为一疗程，停12周后可重复治疗，以促进间质细胞分泌睾酮，促使男性第二性征发育。然后，加用HMG，每次肌注150IU，每周三次，治疗4个月后，其精子发育一旦恢复，通常即可单独用HCG维持治疗，500～1500IU／次，每周2次，定期作精液检查。常期单用HCG治疗效果可逐渐减退。此外，尚可用LRH100μg／次，隔天1次，或用袖珍注射泵每2小时注射LRH25～200ng／kg体重，或定时鼻腔用药，共90天为一疗程，诱发睾丸生精及产生睾丸酮。此外，有人应用氯芪酚胺治疗，该药是一种弱的雌激素，可竞争抑制雌激素对下丘脑的反馈抑制，使下丘脑分泌LRH增加，刺激垂体释放FSH及LH，剂量每天口服50～100mg，3个月为一疗程。维生素E、中药鹿茸精等也可试用。原发性睾丸功能低下者，雄激素替代治疗，可促使外生殖器官发育，但无精子生成，故无生育能力。口服甲基睾丸素对肝脏有损害不宜应用。口服药物还有1a-甲-5a-双氢睾丸酮（Mesterolone），30～60mg/d，该药不引起胆汁郁积性黄疸。肌肉注射药物有丙酸睾丸酮，是短效雄激素，25～50mg／次，每周2～3次，但局部刺激大，不宜长年应用，雄激素缺乏症最好应用长效庚酸或癸酸睾丸酮200mg/次，每1～2周1次，肌肉注射，使用2～3年后，可得到完全的男性性征发育，以后可减至维持剂量，100～200mg/次，每2～3周肌肉注射1次。儿童使用雄激素，可出现骨骺过早闭合，影响身高，宜在13岁以后才开始使用。
隐睾症宜在2～9岁使用HCG，刺激内生睾丸酮的分泌，有可能纠正隐睾。双侧隐睾，可行短期HCG治疗，肌肉注射3000U隔天一次，共3次。单侧隐睾，应长期予以HCG治疗，年龄小于5岁者，肌肉注射500U，每周3次，或1500U，每周2次，共用6．5周。年龄大于5岁者，1000U，每周肌肉注射3次，共6．5周。亦可联合应用LRH喷雾剂Crypfocur经鼻粘膜吸收。如果激素治疗失败，应采取手术，将睾丸引到阴囊内加以固定。腹腔内隐睾，癌变机率高，如复位失败，应予切除。
外生殖器有两性畸形者，性别的选择十分重要，要求选择的性别能使患者更好地适应社会生活及在青春期有较好的性发育。决定性别后，需进行生殖系统的矫形手术及必要的激素替代治疗。按女性抚养者，在适当时期应采用雌激素及孕激素周期治疗；按男性抚养者，宜在青春期开始长期应用雄激素治疗。