脑性瘫痪综合征常需要与以下疾病鉴别：
1、孤独症先天性韧带松弛症;
2、三体综合征;
3、异染性脑白质营养不良;
4、GM1神经节苷脂病;
5、婴儿进行性脊髓性肌萎缩症。
一些遗传代谢或变性病可能进展缓慢，如异染性脑白质营养不良、家族性痉挛性截瘫等，这些病在早期与脑瘫不易鉴别，可能误诊。戊二酸血症1型易被误认为运动障碍型脑瘫，而精氨酸酶缺乏则易被误认为双侧瘫痪型脑瘫。对婴儿期表现为肌张力低下者须与下运动神经元瘫痪鉴别，后者腱反射常减低或消失。婴儿肌张力低下者还须特别注意除外遗传代谢病。痉挛性双瘫有时还需与多巴-反应性肌张力不全鉴别。
