1.男性乳腺癌 单侧男性乳房肥大症应与男性乳腺癌鉴别。乳腺癌肿块常偏离乳晕，质硬，边界不清，可与皮肤或深筋膜粘连固定，多有乳头凹陷或偏离，可有腋窝淋巴结肿大。
2.假性男性乳房肥大症 肥胖的男性常因胸部脂肪堆积而增大，形似男子乳房发育症。与真性男性乳房肥大症的最大区别，在于乳房扪诊时组织柔软，可有一种捺入孔中的空虚感，该病人常伴有髋部脂肪沉积。乳腺X线摄影可确诊。
3.乳房脂肪瘤 一般位于乳房皮下，多为单发，形状不一，质地柔软，边界清楚,表面常呈分叶状，生长缓慢，与经期变化无关，一般3～5cm大小，比较少见。
4.乳腺血管瘤 少见，主要见于乳房皮肤或皮下，可单发亦可多发，质地柔软。可似海绵状，略有弹性，可被压平，可抽出血性液体，可确诊。
5.乳房淋巴管瘤 是淋巴管和结缔组织组成的先天性良性肿瘤，很少见。肿块大小不等，外观可呈分叶状，质地柔软有囊性、波动感，边界不清。曾有文献报道1例3岁男孩，右侧乳房肥大，手术及病理证实为右侧乳房淋巴管瘤。本病透光试验阳性，穿刺可见淡黄淋巴液，不难鉴别。
6.根据男性乳房发育症成因不同。