急性肾盂肾炎需与急性膀胱炎区别，前者除有膀胱刺激症状外，还有寒战，高热和肾区叩痛，结核性膀胱炎发展缓慢，呈慢性膀胱炎症状，对药物治疗的反应不佳，尿液中可找到抗酸杆菌，尿路造影显示患侧肾有结核病变，
膀胱炎与间质性膀胱炎的区别，后者尿液清晰，极少脓细胞，无细菌，膀胱充盈时有剧痛，耻骨上膀胱区可触及饱满而有压痛的膀胱，嗜酸性膀胱炎的临床表现与一般膀胱炎相似，区别在于前者尿中有嗜酸粒细胞，并大量浸润膀胱粘膜，膀胱炎与腺性膀胱炎的鉴别诊断，主要依靠膀胱镜检查和活体组织检查。
慢性膀胱炎症状长期存在且逐渐加重，一般培养无细菌生长，又找不到原发病时，要考虑肾结核，肾结核病人半数以上有肺与生殖器等肾外结核病史，血尿多与尿路刺激症状同时出现，抗痨治疗有效，膀胱炎时，血尿为“终末血尿”，且抗菌治疗有效，结核杆菌培养，尿沉渣找结核杆菌，肾盂造影及膀胱镜检查有助于诊断，有时肾结核常与普通尿路感染并存，如患者经过积极抗菌治疗后，仍有尿路刺激症状或尿沉渣异常，应高度注意肾结核存在的可能性，宜作相应检查。
慢性膀胱炎需与膀胱癌鉴别。
大约有90%以上的膀胱癌患者最初的临床表现是血尿，通常表现为无痛性、间歇性、肉眼全程血尿，有时也可为镜下血尿。血尿可能仅出现1次或持续1天至数天，可自行减轻或停止，有时患者服药后与血尿自止的巧合往往给患者“病愈”的错觉。有些患者可能在相隔若干时间后再次出现血尿。血尿的染色由浅红色至深褐色不等，常为暗红色，有患者将其描述为洗肉水样、茶水样。出血量与血尿持续时间的长短，与肿瘤的恶性程度、大小、范围和数目并不一定成正比。有时发生肉眼血尿时，肿瘤已经很大或已属晚期;有时很小的肿瘤却出现大量血尿。有些患者是在健康体检时由B超检查时发现膀胱内有肿瘤。有10%的膀胱癌患者可首先出现膀胱刺激症状，表现为尿频、尿急、尿痛和排尿困难，而患者无明显的肉眼血尿。这多由于肿瘤坏死、溃疡、膀胱内肿瘤较大或数目较多或膀胱肿瘤弥漫浸润膀胱壁，使膀胱容量减少或并发感染所引起。膀胱三角区及膀胱颈部的肿瘤可梗阻膀胱出口，而出现排尿困难的症状。
