由于曲霉球的自然病程难以预计，不同处理措施(不用药、内科药物治疗、外科切除)的指征颇多争议。除疾病本身外，治疗措施尚应结合基础疾病综合考虑，因此治疗应当个体化。无症状或症状轻微者可进行医学观察。有症状、但不适宜或拒绝手术者可试用药物治疗。据认为现有抗真菌药物中仅有两性霉素B和伊曲康唑有效。前者亦有人推荐采用空洞内注射疗法。手术切除是惟一根治治疗，适用于反复咯血或存在影响预后的危险因素时。据报道，围术期应用两性霉素B可减少支气管胸膜瘘等并发症的发生。倘若患者肺功能受损不能胜任手术时，为控制大咯血，支气管动脉栓塞是非常有效的治疗，但远期疗效尚欠理想。有人称放射治疗促使曲霉球周围血管闭塞有助于止血，但未得到公认。