腔隙综合征病因除缺血性梗死外，还包括小量脑出血、感染、猪囊尾蚴病(囊虫病)、Moyamoya病、脑脓肿、颅外段颈动脉闭塞、脑桥出血、脱髓鞘病和转移瘤等，应注意鉴别。
1.小灶性脑实质出血 由于出血量小，血肿局限，起病可为渐进性，临床表现可与腔隙性脑梗死相似，须依靠CT或MRI鉴别。但是脑出血有其特点，即脑出血一般在体力和脑力紧张活动或情绪激动时容易发病。起病急，发展快，数十分钟到数小时达到高峰。急性发病者典型的表现有：头痛、呕吐、失语、肢体运动障碍、抽搐、不同程度的意识障碍。脑出血的临床表现与出血部位和出血量有很大关系。脑CT扫描可以发现出血病灶，有利于鉴别诊断。
2.巨大腔隙性脑梗死 指腔隙直径大于20mm，可能有多个穿通动脉闭塞，或较大的动脉粥样硬化或血栓形成所引起。神经系统定位体征较明显或症状较重，可伴有意识障碍，预后较差。
3.出血性腔隙性脑梗死 随着CT的广泛应用，临床医师陆续发现，脑内小量出血也可引起类似腔隙性脑梗死的表现，对这类病，目前称之为出血性腔隙综合征。临床特点是多见于50岁以上的中老年人，有高血压病史者多见，常在活动中突然发病，呈进行性加重，在半小时或数小时内达高峰。临床上可有各种类似腔隙性脑梗死的表现，如单纯运动性轻偏瘫，单纯感觉性卒中，共济失调轻偏瘫，构音障碍-手笨拙综合征，感觉运动性卒中等。但因脑部出血量少，病灶范围小，血肿局限，未破入脑室及蛛网膜下隙，也未累及上行网状激活系统，一般无头痛、头晕、恶心、呕吐、颈项强直等脑膜刺激征，亦无神志、智能及瞳孔改变。很容易误诊为腔隙性脑梗死，脑CT扫描是鉴别诊断的主要方法。
出血性腔隙综合征的发病原因，主要由高血压引起。病变部位多位于内囊、壳核、丘脑和脑桥等部位，呈小灶性高密度影。由于长期高血压使脑深部的小动脉壁硬化，脂肪透明样变、破裂、渗出而发病。出血性腔隙脑梗死一般预后良好。
