肉毒中毒可能与Guillain-Barré综合征，脑卒中，蜱媒性麻痹以及由箭毒或颠茄生物碱引起的中毒混淆.肌电图的检查对诊断是有帮助的，因为在大多数患者中能产生对快速重复性刺激的特征性增强反应。早期由于咽干、红、痛，应与咽炎鉴别;呕吐、腹痛、便秘，应与肠梗阻、肠麻痹相鉴别;黏膜干燥、瞳孔扩大应与阿托品或曼陀罗中毒相鉴别;还需与河豚或草蕈所致的食物中毒鉴别，这两种生物性食物中毒亦可产生神经麻痹症状，但河豚中毒轻者为指端麻木，重者则为四肢瘫痪。明显无力及瘫痪须与多发性神经炎、重症肌无力、白喉后神经麻痹、脊髓灰质炎等相鉴别。