1.沙门菌肺炎 弗劳地枸橼酸杆菌菌血症的表现可类似伤寒的临床表现，沙门菌也可引起肺炎。两者均可有肥达氏反应阳性。因此，临床上应注意两者区别。沙门菌引起的肺炎表现非常不典型。与枸橼酸杆菌肺炎相似，如可有畏寒、发热、咳嗽、咳痰、双肺可闻及湿性?音，胸片示肺叶、段性肺炎或伴有肺脓肿形成。临床上常难以鉴别。但痰、胸水、血或大小便可培养出沙门菌，肥达反应“O”在4倍以上等可与枸橼酸杆菌肺炎鉴别。
2.其他革兰阴性杆菌肺炎 枸橼酸杆菌肺炎与克雷白杆菌肺炎，铜绿假单胞菌肺炎，变形杆菌肺炎，沙雷菌肺炎及摩根摩根菌肺炎的表现均相似。特别是在医院获得性感染中，克雷白杆菌肺炎的典型表现如红砖样痰，铜绿假单胞菌肺炎的黄绿痰均缺乏，因此，鉴别主要依据血、痰、胸水及下呼吸道分泌物细菌学检查。有时它们之间常存在混合感染，特别是继发性枸橼酸杆菌肺炎者，应引起注意。