主要是膀胱炎和血尿的鉴别诊断。
①非特异性膀胱炎常突然发生，反复发作，时轻时重，血尿常与膀胱刺激症同时发生。而肾结核引起的结核性膀胱炎从尿频开始，逐渐并持续加剧。血尿都是膀胱刺激症状后一段时间出现，但有时也可合并非特异性感染，约占20%～60%。其中最多见的是大肠杆菌感染。
②尿道梗阻性病变引起的膀胱刺激症状均在排尿困难症状以后发生，多数伴有非特异性感染。膀胱结石的膀胱炎在排尿时可有尿线突然中断，伴有尿道内剧烈疼痛。膀胱肿瘤的膀胱刺激症状都在长期无痛血尿以后出现，此时肿瘤已有浸润波及邻近三角区。而肾结核血尿多在长时间尿频以后，以终末血尿为其特点。
③双肾结核、孤立肾肾结核或肾结核对侧肾积水都有肾结核的症状，且都可以有肾功能低下，泌尿系造影时往往影像不清或完全不显影，因此，尽管其临床和X线检查所见很相似，但治疗上却有原则的区别，所以在诊断中应予鉴别。