1.尿液检查：尿常规为酸性，有少量蛋白及红、白细胞。24小时尿结核杆菌检查是诊断肾结核的重要方法。尿中确实查到结核杆菌对诊断肾结核有决定性意义。
2.酚红肾功能试验：酚红排出延缓是肾结核对侧肾积水最早出现的改变，可作为初步的检查。静脉注入6mg酚红后，分别于15、30、60、120min收集尿液，测定酚红浓度。肾积水时15和30min尿液标本中的酚红量很低，而以后两个标本中酚红的含量反而较高，出现酚红排出延缓和倒置的现象，与肾功能障碍、酚红总排出量减少、分次标本的含量减少有所不同，与正常的15min浓度最高，以后依次递减亦不同。
3.静脉尿路造影 常规尿路造影多数不能显影。因大剂量造影剂本身造成溶质负荷，可起到利尿作用，使积水侧肾充分充盈。近年多使用大剂量排泄性尿路造影，即每公斤体重注射常用静脉注射造影剂1ml，多数可使显影改善。亦可使用延迟摄片方法，具体时间可参照酚红排出速度决定，适当延迟至45min，90min甚至120min后摄片，一般可获较清楚影像。
4.X线检查：X线检查在确定肾结核的诊断，明确病变的部位、范围、程度及对侧肾脏情况等方面有决定性意义。
5.B超检查 本检查简单、经济、快速及无创，可了解对侧肾积水程度，并可测量皮质厚度，估计该肾功能状况，还可作为穿刺造影的准确定位检查。
6.CT及MRI检查 对于急性无尿及肾脏不显影者，可行CT或MRI检查，可获得较为详尽的肾脏和输尿管病变资料，尤其MRI可经泌尿系统水成像技术(MRU)了解输尿管扩张情况、狭窄段程度、部位和范围，为制定治疗方案提供依据，但价格较高昂。
7.肾穿刺造影术 肾穿刺造影术是诊断肾功能损害较严重的肾结核和肾积水的较好方法，可在B超或X线导向下进行。肾穿刺造影既可获得极为清晰的肾盂输尿管影像，亦可明确梗阻的部位和程度。对穿刺抽吸出的肾盂尿可行常规检查和细菌培养，亦可作结核杆菌检查以排除双肾结核。肾穿刺造影时一般可用稀释1倍的静脉尿路造影剂进行造影，注入的造影剂量应少于穿刺时吸出的尿量。注入的造影剂内还可加入抗菌药物。
8.膀胱逆行造影 怀疑有尿液逆流时，可经导尿管向膀胱内注入造影剂进行逆行造影，但可能加重病肾负担及招致逆行性感染，近来已很少采用。
9.膀胱镜检查：膀胱粘膜可见充血、水肿、结核结节及溃疡等以三角区及患例输尿管口附近为明显。晚期膀胱结核使整个膀胱充血、水肿、呈一片通红。
10.同位素肾图检查：患肾功能减退时表现为排泄延缓，甚至无功能。对侧肾积水时出现梗阻性图形。