1.病因明确者应针对病因治疗，如精索静脉曲张、隐睾可采用手术治疗;生殖道感染予以抗感染治疗;自身免疫产生抗精子抗体者可以试用免疫抑制剂如肾上腺糖皮质激素类药物及大剂量维生素C治疗。对于外源性因素引起少精子症可以去除这些外来因素。随着原发病及外来因素的去除，精子数量会有所提高，取得满意的效果。
2.对于病因不明的特发性少精子症可以采用睾酮或人工合成睾酮衍生物治疗，如丙酸睾丸酮、氟羟甲睾酮等;5—羟色胺拮抗剂Metergoline也有一定疗效;另外可以试用糖皮质激素、克罗米芬、他莫西芬、HCG、HMG等药物。
3.中医治疗
选用六味地黄丸或八味地黄丸，连续服用2-3个月。
