胃肠型需与其他病原引起的腹泻相鉴别，如病毒感染引起的腹泻：人体通过食物或其他途径感染多种病毒后易引起病毒性腹泻，如：感染轮状病毒、诺瓦克病毒、柯萨奇病毒、埃可等病毒后，出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐、发热及全身不适等症状。
败血症型需与伤寒和基础疾病本身引起的发热相鉴别。伤寒由伤寒杆菌引起的急性消化道传染病。主要病理变化为全身单核-巨噬细胞系统的增生性反应，以回肠下段淋巴组织增生、坏死为主要病变。典型病例以持续发热、相对缓脉、神情淡漠、脾大、玫瑰疹和血白细胞减少等为特征。 检测血清或尿中伤寒抗原或血清中特异性抗体IgM，对伤寒的早期诊断有意义。