1.急性胃肠炎 潜伏期约1～2天，症状多较轻，低热或不发热，腹泻呈水样稀便，有腹痛而无里急后重，个别患者腹泻严重类似霍乱。2岁以下儿童可表现为痢疾样症状。大部分病例经2～5天自愈，重症可持续1～2周。
2.外伤感染 因皮肤伤口接触河水、污泥而感染。轻者仅有局部溃疡，重者可发生蜂窝织炎。
3.败血症 患者有严重慢性疾病时，本菌可由伤口或肠道侵入血流。嗜水气单胞菌感染败血症可并发感染性心内膜炎、坏死性肌炎、内眼病变和迁徙性脓肿等。
4.其他感染 本菌偶可引起术后感染、尿路感染、褥疮感染、胆囊炎、腹膜炎、肺炎、脑膜炎、坏死性肌炎和骨髓炎等。
根据腹痛、腹泻、低热等，参考流行病学资料，结合粪便培养亲水气单胞菌阳性，可作出诊断。其他类型感染根据临床表现及血或分泌物等培养阳性作出诊断。