1.一侧舌咽神经损伤 表现为同侧舌后1/3味觉丧失，舌根及咽峡区痛觉消失(因还有其自感觉，所以多不出现咽反射和吞咽反射障碍)，同侧咽肌力弱及腮腺分泌明显障碍。临床上舌咽神经单独发生损伤者少见，常与后组脑神经损伤同时发生，一侧舌咽、迷走神经或其神经核损害时，可出现同侧软腭麻痹、咽部感觉减退或消失、咽反射消失、呛咳及声音嘶哑等。
2.双侧舌咽神经损伤 病人进食、吞咽、发音均有严重障碍，严重时病人发“啊”的声音时软腭和悬雍垂偏向健侧，甚至不能发音和吞咽，唾液外流等，称真性球麻痹。
一般根据临床表现，结合病史及CT、MRI等影像学检查即可作出诊断。