胎儿酒精综合症亦会同时有其他状况，都是由生前酒精暴露引起的。但是，这些状况被认为是与酒精有关的出生缺憾，而非胎儿酒精综合症的诊断条件：
心脏——心杂音，但一般在1岁后就会消失;最常见的有心室中隔缺损，紧随而有心房中隔缺损。
骨骼——关节异常，包括不正常的位置及功能、改变了的掌纹、细小的远节趾骨及细小的尾指指甲。
肾脏——马蹄铁肾、发育不全。
眼睛——斜视、视神经发育不良(可能导致光敏感、视力衰退或不自主的眼睛运动)。
偶尔异常——眼皮下垂症、小眼畸形、带有或没有颚裂的唇裂、蹼状颈、短颈、法洛氏四联症、主动脉窄缩、脊柱裂及脑水肿。