胎儿酒精综合症是不能治愈的，因为中央神经系统受损是永久的，不过治疗仍是可能的。因为中央神经系统受损、征状、次级障碍及需要会按不同人而有所不同，并没有一种统一的治疗方法。相反，全面及基于病人需要的多模型方式才能有效。有几个治疗的模型现正被使用，很多研究认为多个治疗方法可以改善负面的影响。
传统的医药治疗(即精神药品)经常被使用，因为很多胎儿酒精综合症的症状会被误会成其他障碍或与之重叠，最明显的有注意力不足过动症。[44]例如一个患者是怠慢的、没有完成家课及不能维持坐下等都会很易被诊断成为注意力不足过动症，尤其是当病人未有进行胎儿酒精综合症的诊断。一般的做法是转介往小儿科医生，小儿科医生可能会建议尝试使用利他能。
药物在治疗胎儿酒精综合症是很重要，但必须与其他治疗方式一拼使用，以应付多种的障碍。