引起唇腭裂的因素尚未完全明了，但可能与以下因素有关：
①遗传因素：遗传学研究证明，本病为多基因遗传性疾病，20-30%的患者具有阳性的遗传因素。我们也经常可见兔唇在患者的亲属中有类似的畸形发生。
②环境因素：如怀孕期间维生素的缺乏，母亲在怀孕期间感染病毒，接触X射线、激素或抗肿瘤药物、抗组胺药、烟酒刺激等，都可能造成遗传基因的突变等一系列畸变。
综上所述，致畸因素是多种多样的，但也不十分明确，简单地可认为是一种多基因遗传性疾病。[3]
致病因素
兔唇及颚裂是一种颇为常见的先天缺陷，在英国每一千个初生婴儿当中有最少一个出现这种先天缺陷。这是发生在妇女怀孕初期，胎儿嘴部的上颚骨未能合适地接合。出现兔唇的婴儿需要接受多次手术，以及接受语言治疗等来补救这种先天缺陷。这种疾病与基因也有很大关系，如果一个婴儿的哥哥或姐姐也有这种先天缺陷，那这个婴儿便比其他婴儿多30至40倍的可能出现这种缺陷。
遗传因素：多数患儿可以发现在其直系亲属或旁系中，也有同样畸形发生。据调查，唇裂的发病率为0.17%。父母一方是唇裂的，其子女的发病率可高达2.6%-5.6%，比前者高出15-32倍。父亲患有唇腭裂，后代患病率为3%左右，如果是母亲患病，则遗传给子女的几率高达14%。健康父母已生育一个有兔唇的孩子，那么出现第二个有兔唇的几率为 4%。若已生过俩兔唇子女，再次怀孕生兔唇孩子的几率就上升到9%。近亲结婚者的子女发病率更高。
营养因素：妇女怀孕期间的呕吐和偏食可影响营养摄入，造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
病毒感染：在妊娠早期(2个月内)，如遇风疹病毒感染，可能成为婴儿唇腭裂的原因。
药物因素：有些药物能通过胎盘屏障影响胚胎发育，如安眠药、抗过敏药、苯妥英那、肾上腺皮质激素、环磷酸胺均可导致胎儿畸形。
内分泌影响：实验证明，孕鼠在孕后9天、10天、11天各注射肾上腺皮质激素，其所生育的幼鼠中多患有唇腭裂。因此，在怀孕早期(8周内)，如孕妇因精神紧张及外伤等原因，可使体内的肾上腺皮质激素分泌增加，从而导致婴儿先天畸形。
放射线：妊娠早期如果接触放射线，则有可能导致胎儿唇裂腭裂。
