胃肠道穿孔引起的气腹需与正常解剖变异间位结肠鉴别。透视下转动体位可以鉴别。
胃肠道穿孔的传统诊断方法为摄取腹部X线平片，观察膈下、腹壁下有无游离气体，以此作为主要诊断依据，但是准确性有限。
急性胰腺炎：腹痛部位多位于上腹部偏左并向背部放射，腹肌紧张程度较轻，血清和腹腔穿刺液淀粉酶升高明显，X线检查膈下无游离气体，CT检查显示胰腺肿胀、胰周渗液等。
急性胆囊炎：右上腹部绞痛或持续性痛阵发性加剧，伴畏寒发热。体征主要为右上腹压痛和反跳痛，有时可触及肿大的胆囊，莫非征阳性。超声提示结石性或非结石性胆囊炎。
急性阑尾炎：溃疡穿孔后消化液沿右结肠旁沟流到右下腹，引起右下腹痛和腹膜炎体征，易与急性阑尾炎混淆。但急性阑尾炎一般症状较轻，发作时无上腹部剧烈疼痛，腹部体征也不以上腹为主，一般局限在右下腹，X线检查无膈下游离气体。
