小儿病毒性脑炎在临床上之所以表现出一系列中枢神经受损症状，是由于脑白质水肿、液化、坏死及充血或点状出血而造成血流淤滞，颅脑水肿，颅压增高，使病变区的循环及供氧发生障碍，在急性期它又阻碍脑组织可逆性损害的恢复。在治疗过程中增加供氧，对于保护脑细胞和促进脑损伤的恢复是关键的治疗，而高压环境下吸纯氧能迅速大幅度增加氧含量，显著提高血氧张力，加强血氧向组织间弥散，在短期内有效地纠正脑和机体的缺氧状态，降低颅内压，减轻脑水肿，改善脑组织血液循环，降低脑代谢，可减慢或中止病变恶化，为受损的脑细胞恢复创造条件。恢复期患儿行高压氧治疗能加速智力、记忆、思维、运动等功能的恢复，减少或减轻后遗症的发生。因此在常规治疗的基础上应抓紧时机积极进行高压氧治疗。
一般科研治疗，退热、保证水电解质和营养供给。重症病儿应在ICU监护治疗，人才控制惊厥发作，处理颅内压增高和呼吸。循环功能障碍，在未完全除外细菌感染前，应常规给予青霉素等抗生素突出治疗。疑似疱疹病毒脑炎时，应尽早给予阿昔洛韦治疗，丰富每日地塞米松对急性期病情有一定的疗效，但尚有争议。
各种减毒病毒疫苗(麻疹、流行性腮腺炎、风疹等)以明显减少了这些病毒感染性疾病参与的总数神经系统重点合并症。
