1.急性肠套叠
病因尚不清楚，可能与下列因素有关：
(1)饮食改变 生后4～10个月，为添加辅食及增加乳量的时期，也是肠套叠发病高峰期。由于婴儿肠道不能立即适应所改变食物的刺激，导致肠道功能紊乱，引起肠套叠。
(2)回盲部解剖因素 婴儿期回盲部游动性大，回盲瓣过度肥厚，小肠系膜相对较长，婴儿90%回肠瓣呈唇样凸入盲肠，长达1厘米以上，加上该区淋巴组织丰富，受炎症或食物刺激后易引起充血、水肿、肥厚，肠蠕动易将回盲瓣向前推移，并牵拉肠管形成套叠。
(3)病毒感染 系列研究报道急性肠套叠与肠道内腺病毒、轮状病毒感染有关。
(4)肠痉挛及自主神经失调 由于各种食物、炎症、腹泻、细菌毒素等刺激肠道产生痉挛，使肠蠕动功能节律紊乱或逆蠕动而引起肠套叠。
(5)遗传因素 有些肠套叠患者有家族发病史。
(6)先天性肠管畸形和其他器质性疾病 如梅克尔憩室、先天性肠重复畸形等都会成为急性肠套叠的诱因。
2.慢性复发性肠套叠
多见于年长儿及成人，其发生原因常与肠道存在气质型病变而引起的继发性套叠，肠管器质病变常见有肠息肉、憩室、重复畸形、紫癜血肿、肿瘤及结核等。
