非典型病例须与细菌性痢疾、过敏性紫癜(过敏性紫癜因肠痉挛及血肿也可诱发肠套叠)、肠囊肿以及肠内外肿瘤引起出血或肠梗阻相鉴别。
1.细菌性痢疾
细菌性痢疾在夏秋季节较为多见，多见于婴幼儿，急性起病，患儿有阵发性腹痛、血便等，需要与肠套叠鉴别。但痢疾排便次数多，含有大量粘液和脓血便，有里急后重，早期即有发热，腹痛不如
肠套叠剧烈而有规律，腹部也触不到肿块。粪便检查可见大量脓细胞，培养有痢疾杆菌生长。鉴别常无困难，但值得注意的是，在细菌性痢疾的基础上，因肠蠕动紊乱，也可并发肠套叠。
2.急性坏死性肠炎
急性坏死性肠炎也可表现为腹痛、呕吐和血便，但该病多有腹泻史，早期即可表现为腹胀、高热和频吐，大便频繁，呈洗肉水样，量较多，具有特殊腥臭味，全身情况恶化快，常表现严重脱水、皮肤花纹等休克症状。
3.蛔虫性肠梗阻
蛔虫性肠梗阻在儿童较为常见，多见于较大儿童，患儿多有不结生活史。患儿可有阵发性腹痛、呕吐，在腹部可触及蛔虫团，颇似腊肠样肿块，但其表面常呈条索状，一般无血便。发病不如肠套叠急骤，多有排蛔虫或不当驱虫史。