1.实验室检查
(1)痰液检查先将痰液标本固定，用苏木精伊红、PAS染色，可见PAS阳性蛋白质颗粒，含有针叶状结晶分层小体。但因小儿痰液常被吞入消化道而无法收集，且痰液受口腔分泌物污染，混杂脱屑细胞和其他蛋白质，故诊断价值不大。亦有人用肺灌洗后排出的稠厚痰液块，加0.1当量氢氧化钠滴入，摇动即见其上层变为粉红色据此物作光谱分析与酚磺酞的光谱相同酚磺酞在酸性环境下与蛋白质有很大亲和力。
(2)血液检查在无肝脏病变情况下血清乳酸脱氢酶(LDH)常升高，恢复健康时，LDH即转为正常。血常规检查，约有半数病例淋巴细胞减少，可见血清IgA降低。
2.其他辅助检查
(1)X线表现典型X线胸片可见，在肺门周围见到细小弥漫性羽毛状浸润阴影从肺门向肺边缘扩散，呈蝴蝶状略似肺水肿;或表现为软状低密度的结节状阴影呈蝶形分布。有时两肺下叶显示浸润性病变，或有些病人开始时呈结节状密度增深影，开始各相分离，从两下叶浸润进展为整个大叶实变。病灶之间有代偿性肺气肿或形成小透亮区。纵隔明显增宽，X线酷像肺水肿，但无K-B线。
(2)胸部CT检查尤其是高分辨CT对PAP有很大诊断价值。病变肺组织常呈毛玻璃样改变，叶间叶内胸膜增厚而不规则。
(3)肺功能测定显示限制性通气功能障碍，肺活量下降。呈弥散功能障碍。动脉血气示血氧饱和度减低及慢性碱中毒。
(4)支气管肺泡灌洗液(BALF)检查典型的肺泡灌洗液呈乳状或浓稠浅黄液体。在光镜下见炎症细胞间有大量形态不规则、大小不等的嗜酸性颗粒状脂蛋白样物质PAS染色阳性。电子显微镜下见肺泡内充填物有大量大小不一的细胞碎片、表面活性物质颗粒及其他一些蛋白样物质组成3万倍显微镜下可见这些表面活性物质颗粒为具特征性的同心圆排列的层状结构。