本病须与风湿病、多发性骨疣、纤维织化肌炎、皮肌炎、泛发性钙化等病鉴别。风湿热多涉及关节，软组织内无钙化。多发性骨疣患者运动无障碍，用X线检查易于鉴别。纤维织化肌炎不存在骨性组织。皮肌炎的皮肤症状一般都显著，开始先侵犯肢体，后来涉及躯干，皮肤及其下面的肌肉常有炎症表现，局部可有触痛性硬结，肌肉和皮下脂肪的坏死灶可以钙化。泛发性钙化病不限于肌肉，肢体内病变更多。
骨化性肌炎应与血肿钙化、间质性钙质沉着症和成骨肉瘤鉴别。骨化性肌炎的钙化部位在骨干，与骨表面平行，其间有清楚的正常骨皮质和骨膜。相反，成骨肉瘤总有皮质和骨膜破坏的迹象，病变位于干骺端。对可疑的病例，短期内连续X线照片有助于鉴别诊断。个别病例组织学检查仍有可能误诊。