(一)治疗至今还没有能够治愈麸质过敏症的药物。但对于麸质过敏症病人避免毁坏他们肠绒毛和相关症状的惟一办法就是保持无谷蛋白的饮食。需终身限制含麦胶蛋白的食品，包括小麦、大麦、黑麦及燕麦等。食用大米、玉米无妨。限食后1周，症状多可改善，重症病例恢复略晚。身高、体重恢复增长。长期严格限制麦食，并无副作用，且可减少成年后发生消化道恶性肿瘤的危险。治疗早期需补充缺乏的营养素，如脂溶性维生素、铁剂及叶酸等。病儿双糖酶活性虽常降低，但罕见引起糖耐受不良，除非出现症状，可短期限食双糖，一般无须限制。
(二)预后本症为一永久性状态，但确诊后终身限制含胶麦蛋白饮食则预后良好。通过不含谷蛋白的饮食达到正常、健康的生活，但却无法痊愈。