RPGN为一临床综合征，病因不同其预后及治疗也有所不同，因此除与其他临床综合征相鉴别，还需对其病因作鉴别诊断。
1.急性链球菌感染后肾炎 起病情况二者可相似。但急性链球菌感染后肾炎(PSAGN)多有明确的链球菌前驱感染史，自前驱感染至肾炎发病期间常有1~3周的无症状间歇期，虽起病后初期也可有尿量减少或一定程度的氮质血症，但大多数PSANG患儿于2~3周后明显好转，且起病6~8周内血补体C3下降、继之恢复。鉴别困难者可行肾活检，PSAGN呈毛细血管内增生性肾炎改变，而RPGN则呈新月体肾炎改变。
2.溶血尿毒综合征 临床以微血管溶血性贫血、血小板减少、急性肾功能减退为特点。大多为婴幼儿发病，有前驱腹泻病史。除急速进展的肾功能减退外，还有出血、溶血表现(如苍白、瘀点、末梢血片中有形态多样的破碎红细胞、盔状红细胞、网织红细胞增多)，血小板减少等。
3.全身性疾病继发的RPGN 较常见的如系统性红斑狼疮、过敏性紫癜肾炎等。
4.在原肾小球疾病基础上又发生了新月体病变，常致病情急剧恶化，此尤易发生于膜增生性肾炎(MPGN)、IgA肾病时。
5.区分原发RPGN的三种类型 因其预后及治疗有所差别。其中Ⅰ型并伴肺出血者即Goodpasture症，临床上以咯血、呼吸困难、血尿、蛋白尿为主要表现，并出现急速的肾功能减退。多数病儿先有咳嗽、咯血及呼吸困难，数日或数周后始出现肾受累表现;也可肺部与肾的症状同时出现，少数可先有肾炎症状，其后才现肺部症状。虽多数肾功能较迅速恶化，但少数病例肾功能于病程中也可有所波动。胸片可见散在的斑片状、粟粒状或网状阴影，痰内(也可检胃液)有含铁血黄素细胞。