本病病因迄今未完全阐明，大多认为与循环障碍、神经递质传递障碍、氨中毒、胺代谢障碍(5-HT增加可诱发昏迷)以及电解质代谢障碍相关。首先，由于多种肝脏疾病晚期肝功能衰竭，解毒作用降低，使胃肠道内摄入或产生的毒性物质得不到肝脏的有效解毒，造成肝脏生成的维持脑功能的必需物质减少;同时，肝功能损害导致血氨增高、低氧，电解质代谢紊乱如缺钾、低镁，胺代谢障碍如一些拟神经递质(羟苯乙醇胺、去甲新福林等)不能及时被清除，与NE和DA产生竞争作用，影响神经冲动传递等;其次，消化道出血、感染、发热、饮酒和麻醉镇静剂的应用，这些因素均对精神障碍的发生有重要作用。