小肠瘘每日丧失肠液量较多，如未能得到及时补充，可很快造成脱水、低血容量、周围循环衰竭、休克等并发症。

小肠瘘造成胃肠道功能紊乱，可出现腹泻或无排便排气，消瘦，中毒症状，甚至败血症、休克、死亡;亦可并发发应激性溃疡，消化道出血，中毒性肝炎，ARDS，肾功能衰竭等。